Vào năm 1979 xã Vĩnh Khánh được thành lập trên cơ sở tách từ ấp Tây Khánh của xã Vĩnh Chánh, xã Vĩnh Khánh là một xã thuộc vùng kinh tế mới của huyện Thọai Sơn.

Địa giới hành chánh của xã: Hướng Đông giáp xã Vĩnh Chánh, huyện Thoại Sơn - hướng Tây giáp xã Định Thành, huyện Thoại Sơn - hướng Nam giáp xã Thạnh Quới (Thành phố Cấn Thơ) - hướng Bắc giáp xã Vĩnh Trạch, huyện Thoại Sơn. Xã có 4 ấp gốm: ấp Vĩnh Hiệp, ấp Vĩnh Thành, ấp Vĩnh Thắng, ấp Vĩnh Lợi.